Контигтер кантип складдарга чогултулат?
Контигтер кантип складдарга чогултулат?

Video: Контигтер кантип складдарга чогултулат?

Video: Контигтер кантип складдарга чогултулат?
Video: КОНТАКТЁР О СЕБЕ И ОБО ВСЁМ 🌏 2024, Ноябрь
Anonim

Долбоордун геномун түзүүдө ДНКнын жеке окуулары биринчи орунда турат контигтерге чогултулган , алардын табияты боюнча чогулуш , алардын ортосунда боштуктар бар. Кийинки кадам болуп саналат чейин анда булардын ортосундагы ажырымдарды контигге түзүү а скелет . Бул оптикалык картаны же мате-жуп секвенирлөөнүн жардамы менен жасалышы мүмкүн.

Ошо сыяктуу эле, сиз контигтер жана складдар деген эмне деп сурасаңыз болот?

А скелет геномдун ырааттуулугунун акыры секвенирленген бүт геномдук мылтык клондорунан реконструкцияланган бир бөлүгү. Scaffolds турат contigs жана боштуктар. А contig негиздердин тартиби жогорку ишеним деңгээлине чейин белгилүү болгон геномдук ырааттуулуктун чектеш узундугу. Кээ бир учурларда, сөөктөр кабатталышы мүмкүн.

Ошондой эле, биоинформатикада контиг деген эмне? А contig (туташкандан) - ДНКнын консенсус аймагын чагылдырган бири-бирин кайталаган ДНК сегменттеринин жыйындысы. Contigs Ошентип, контекстке жараша ДНКнын кайталанган ырааттуулугуна да, клондордо камтылган физикалык сегменттерге (фрагменттерге) да кайрыла алат.

Буга байланыштуу контигтер кантип чогултулат?

ДНК фрагменттеринин кайталанган ДНК тизмегинин жыйындысы катары белгилүү contig . Контиг карта түзүү - бул бири-бирин кайталаган клондор болгон процесс чогулган ошол кайталанууну иреттөө үчүн. Бул уюштурууну камтыйт contigs тартиби жана багыты боюнча. Clone contigs автоматтык түрдө болушу мүмкүн чогулган алардын BAC-аягы ырааттуулугун колдонуу.

Контигтер эмне үчүн маанилүү?

Контиг чогулуш болуп саналат маанилүү геномдук жыйынга кадам. Картага түшүрүү үчүн бири-бирин кайталаган клондор бири-бирине дал келген ырааттуулукка чогултулат. Ар бир фрагмент вектордо клондолуп, эки учунан тизилип, 600–700 б.п. ДНК фрагментинин эки учундагы ырааттуулук жуп учу деп аталат.

Сунушталууда: